La nascita dell'Archivio di Stato di Milano si far risalire al 1781 con il concentramento del materiale documentario conservato nel castello di porta Giovia di Milano presso l'ex Collegio dei Gesuiti in San Fedele. Nell'archivio del Castello, oltre alle carte delle magistrature sforzesche e ai pochi documenti viscontei sopravvissuti o recuperati in vari modi, si sono aggiunti gli atti del Consiglio segreto, quelli delle cancellerie spagnole e austriache, delle giunte interinali e provvisorie di governo, i registri degli statuti contenenti atti sovrani; qualche anno più tardi nel 1786, in San Fedele, si sono uniti gli archivi del Magistrato ordinario e straordinario, del nuovo Magistrato camerale e della Camera dei conti. I fondi, a seguito dell'ordinamento per materia di Ilario Corte e Luca Peroni, sono confluiti in un unico fondo archivistico denominato Atti di governo. In luoghi e periodi diversi ci sono state altre concentrazioni di carte così da arrivare intorno alla metà del XIX secolo alla dislocazione del materiale documentario in tre sedi diverse, in particolare San Fedele con l'archivio governativo e camerale, gli archivi napoleonici, l'archivio giudiziario, il fondo di religione e gli archivi militari); Bocchetto con gli atti finanziari e il Broletto con gli atti notarili. Con il 1886, grazie al direttore generale degli archivi di Lombardia Luigi Osio, l'ex Collegio Elvetico è stato individuato come il luogo atto a custodire i complessi documentari.Il concentramento dei vari Archivi presenti in città nel palazzo del Senato fu progressivamente completato all'epoca della direzione di Cesare Cantù (1873-1895), nominato , Soprintendente generale con l'istituzione nel 1874 della Soprintendenza agli Archivi lombardi.